1. Cơ cấu tổ chức của Cảng vụ hàng hải Quy Nhơn gồm có:

a) Phòng Tổ chức - Hành chính;

b) Phòng Tài vụ;

c) Phòng Pháp chế - Kỹ thuật VTS.

d) Phòng Thanh tra  - An toàn và An ninh hàng hải;

e) Đại diện Cảng vụ Hàng hải Quy Nhơn tại Vũng Rô;

2. Giám đốc Cảng vụ hàng hải quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các phòng và đại diện sau khi được sự đồng ý của Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam.

3. Cảng vụ hàng hải Quy Nhơn do Giám đốc lãnh đạo, các Phó Giám đốc giúp việc. Giám đốc do Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm. Phó Giám đốc do Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc. Kế toán trưởng, Trưởng Đại diện Cảng vụ hàng hải do Cục trưởng Cục Hàng Hải Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc. Trưởng phòng, Phó phòng nghiệp vụ khác do Giám đốc bổ nhiệm, miễn nhiệm.